El sorteo se realizó como es de costumbre, por criterio geográfico, tomando en cuenta 3 cabezas de series, los que fueron Universidad de Chile (actual campeón del certamen), Colo-Colo y Universidad Católica. Además de 3 planteles denominados de "segunda línea", entre ellos Audax Italiano, Palestino y el campeón vigente del torneo de Primera A, Unión Española.

Estos son los 8 grupos de la Copa Chile que comenzarán la competición este 3 de julio:

1.- Deportes Concepción, Deportes Temuco, Ñublense, Universidad de Chile.

2.- Naval, Lota Schwager, Huachipato, Universidad de Concepción.

3.- Curicó Unido, Magallanes, O'Higgins, Audax Italiano.

4.- Barnechea, Universidad Católica, Unión Española, Palestino.

5.- Unión San Felipe, Santiaqo Morning, Rangers, Colo Colo.

6.- San Luis, Everton, Unión La Calera, Santiago Wanderers.

7.- Deportes Copiapó, Coquimbo Unido, Deportes La Serena, Cobresal.

8.- San Marcos de Arica, Deportes Iquique, Deportes Antofagasta, Cobreloa.

Tanto como los 8vos y 4tos de final se jugarán el segundo semestre del 2013, mientras que las semifinales y final del torneo se agendaron para el 2014. El único alcance, hasta el momento, es la suspensión de 1 partido el 20 de julio, donde la UC postergará su fecha, debido al partido amistoso contra el Sevilla de España.